内蒙古菌种杀菌锅杀菌过程中用的工作介质可循环使用，节省了能源、时间及人力、物力的消耗，降低了生产成本。
　　
　　杀菌锅的杀菌方式通常分为汽杀、水杀两种杀菌方式，水杀是通过锅炉蒸汽把锅内热水加温到121℃后，根据不同产品进行不同时间的保温，达到杀掉细菌的目的，可适用于肉制品、蛋制品、奶制品、豆制品、水果罐头、蔬菜、饮料制品等食品的杀菌。
　　
　　内蒙古菌种杀菌锅一般采用蒸汽直接蒸煮，一般温度控制在118度左右，压力在0.25MPA，时间25分钟左右。主要是产品质量稳定，设备可选择小双层杀菌锅（电汽两用），上罐为压力热水罐，通过发生器产生蒸汽打到下锅，一般采用这种的是通过电加热。也可用单锅外加不锈钢热水桶，此方式一次性投资少，但效率低；另一种选择是单锅配压力蒸汽锅炉，直接蒸汽蒸；如果没有三相电也不能安装锅炉，则只能选择喷淋杀菌，小双层杀菌锅搭配天燃气或柴油燃烧器，一次性投资大，运行成本低。
　　
　　杀菌锅灭菌的基本原理就是压力对微生物的致死作用，主要是通过破坏细胞膜，抑制酶的活性和影响DNA等遗传物质的复制来实现的。在400~600mpa的压力下，可以杀灭细菌、酵母菌、霉菌，避免了一般高温杀菌带来的不良变化，因此，能好地保持食品固有的色、香、味，达到延长保存期的效果。
　　
　　主要适用于罐头（如：肉类、禽类、鱼类、蛋类、蔬菜等罐头）及需要高温杀菌的蛋白饮料（如：牛奶、豆奶、杏仁、椰奶、花生奶、煮袋等。特别适合软罐头类（如：火腿肠、蒸煮袋装鸡、扒鸡、纯牛奶等）。玻璃管，马口铁罐，PP瓶、HDPE瓶，铝箔袋，透明袋，真空袋，高温蒸煮。