中药材微波烘干设备主要应用于黄连、当归、贝母、天麻、金银花、丹参、元胡、番红花、人参、西洋参、黄芩、甘草、北沙参、枸杞、桔梗、红花、芍药、牡丹、山茱萸、地黄、金莲花、杜仲、薏苡、山药、银杏、五倍子、猪苓、黄芪、金荞麦、肉苁蓉等中药材的烘干、杀菌、杀虫用。 微波烘干设备对中药材烘干，已在很多中药材加工企业得到广泛的使用，该设备具有烘干时间短、速度快、时间短，在烘干的过程中还可以达到杀菌、杀虫的效果。 采用微波烘干设备烘干后的中药材，成品品质好，可很好的保持原有的营养成分，颜色自然。

目前，微波药材烘干机主要用于中药材的二次烘干及杀虫、灭菌有效。为防止霉变和腐烂，大多数农户采用硫磺浸泡烘干或硫磺燃烧密闭烘烤，易造成硫磺残留量的超标。而微波中药材杀虫设备能在低温下杀死药材中的各种霉菌和虫卵，限度的保留中药材中的有效药成分，防止储存过程中产生的霉变和虫蛀。

利用微波能穿透被加工食品的热效应和非热效应，可分别对各类含水食品药材药丸（药片）进行加热、干燥、脱水、解冻与灭菌中草药微波低温干燥设备，在电磁场作用下，极性分子由原来的随机分布状态转向依照电磁场的极性排布，并随电磁场的按频率不断变化。这一过程造成分子激烈运动相互摩擦从而产生热量。