微生物主要通过空气、原辅材料、作业人员、制造装置、包装容器的途径来污染产品，而食品微生物的风险管理重在强化过程控制，微生物采样检测是过程控制是否满足要求的判断依据。
有些食品企业会对产品的成品和原材料进行理化和微生物的检测，特别是微生物的检测就需要注意样品的采样流程，一般采样流程包括人员服装、环境和取样方式等，如果在抽检采样过程中没注意污染了样品，就会导致检测结果出现异常。
微生物采样检测的工作要求：
1、直接食用的小包装食品：尽可能取原包装，直到检验前不要开封，以防污染。
2、液体样品：
a、采样前摇动或用灭菌棒搅拌液体，尽量使其达到均质；
b、以无菌操作开启包装，用100mL*抽取，注入无菌容器；
c、如为非冷藏易腐食品，应迅速将所采样品冷却至0-4℃。
3、半固体样品：以无菌操作拆开包装，用无菌勺子从几个部位挖采样品，放入无菌容器。
4、固体样品：
a、每份样品应用灭菌采样器由几个不同部位采取，一起放入一个灭菌容器内；
b、大块整体食品应用无菌刀具和镊子从不同部位割取，割取时应兼顾表面与深部，注意样品的代表性； 小块大包装食品应从不同部位的小块上切采样品，放入无菌容器；
c、若为检验食品的污染情况，可取表层样品；若为检验食品品质的情况，应从深部采样；
d、注意不要使样品过度潮湿，以防食品中固有的细菌增殖。
5、冷冻样品：
a、对大块冷冻食品，应从几个不同部位用灭菌工具采样，使之有充分的代表性；
b、大包装小块冷冻食品按小块个体采取；大块冷冻食品可以用无菌刀从不同部位削采样品或用无菌小手锯从冻块上举采样品，也可以用无菌钻头钻取碎屑状样品，放入容器；
c、冷冻食品的采样还应注意检验目的，若需检验食品污染情况，可取表层样品；若需检验其品质情况，应取深部样品；
d、在将样品送达实验室前，要始终保持样品处于冷冻状态。样品一旦融化，不可使其再冻，保持冷却即可。
6、生产过程中的采样：
a、车间用水。自来水样从车间各水上采取冷却水；汤料等从车间容器不同部位用100mL*抽取。如用固定在贮液桶或流水作业线上的采样采样时，应事先将消毒；
b、车间台面、用具及加工人员手的卫生监测。用5cm2孔无菌采样板及5支无菌棉签擦拭25cm2面积。若所采表面干燥，则用无菌稀释液润湿棉签后擦拭；若表面有水，则用干棉签擦拭，擦拭后立即将棉签头用无菌剪刀剪入盛样容器；
c、车间空气采样。将5个直径90mm的普通营养琼脂平板分别置于车间的四角和中部，打开平皿盖，暴露采样后，盖盖送检；
d、设备采样：涂抹法（适用于表面平坦的设备和工器具产品接触面）取经过灭菌的50cm2铝片框放在需检查的部位上，用无菌棉签蘸上无菌生理盐水擦拭后放入盛样容器；
贴纸法（适用于表面不平坦的设备和工器具接处面）；
将两张纸面积共50cm2的无菌规格纸用无菌生理盐水泡湿后，分别贴于需测部分，后放入盛样容器。
