GE_AKTA Pilot蛋白纯化仪能够快速完成纯化生物分子蛋白质、核酸、肽等，完成从实验室基础研究到整个工艺方法快速开发及放大。蛋白纯化仪可以进行生物大分子的范例纯化，已知和未知蛋白质的纯化，蛋白质的结构动力学药物作用靶点研究，药物蛋白的分离，蛋白质工程药物的合成，蛋白质的定性，组织细胞中各种蛋白质在生物体中如何发展功能，基因表达产物的分离。
在各种条件下使用蛋白纯化仪，不同的操作方法从细胞环境中提取蛋白质将会导致其活性的丢失和结构的改变。蛋白纯化仪的操作包括稀释，改变溶液条件，暴露于各种降解酶、氧气、重金属及各种材料的表面，以及生理条件的变化 (如冻融作用) 等。需要注意的是GE_AKTA Pilot蛋白纯化仪的任何—个情况都有可能影响蛋白质稳定性，因此尽可能采取减少这些影响的预防措施，都将有助于确保一个纯化草案的成功。
使用蛋白纯化仪的过程中想要保持蛋白质的稳定，应避免可以使其变性的处理方法。因此，蛋白纯化仪对蛋白质溶液一般不要剧烈搅拌或涡旋，因为这可能会导致蛋白质氧化或表面变性。蛋白纯化仪不能将蛋白质溶液暴露于顶端的 pH、高温、有机溶剂或任何其他可能促进变性的条件。同样，如果在解冻的状态下长时间储存一种蛋白质溶液，细菌和真菌的生长将会成为一个问题。在这样的情况下，无菌溶液和抗菌或抗真菌试剂可能是必要的。另外，建议使用蒸馏水配制将与蛋白质接触的所有溶液，并且GE_AKTA Pilot蛋白纯化仪要将蒸馏水储存在无藻类生长的容器中。
