BD_FACSCalibur流式细胞仪的结构一般可分五部分，即数据贮存和计算机控制系统、流动系统、激光系统、光学和电子系统。
（1）数据贮存和计算机控制系统
数据贮存采用列表排队方式。利用计算机用多种图形来表明各参数间的相互关系，以单参数直方图，双参数二维点图，等高图等方式显示。数据分析一般设定正确的分析范围，划分计算区域和计算结果。
（2）流动系统
流动系统是流式细胞仪的心脏，因为细胞悬液在被检测之前必须首先形成一个很细的稳流，细胞在其内部排成单列通过测量区。细胞悬液和鞘液分别（是分别还是同时）进入流动室，鞘液的作用是使样品悬液中的粒子组成单一纵列方式通过测量区，保证每个细胞通过激光照射区的时间相等，从而得到准确的细胞荧光信息。
（3）激光系统
多采用氩离子激光器。使发射光在可见光谱范围内488nm激发。目前市场上大多数荧光色素适用于此波长。激光的单色性好，功率高，稳定。
（4）光学和电子系统
激光束射至经流体力学聚焦的个别细胞和粒子后，光散射在各个方向(360°)发射。有两个光散射参数需收集，前向角散射(FSC)主要用于检测细胞体积的大小。另一为侧向散射(SSC)用于检测细胞膜，胞质，核膜等细胞内部结构及胞质内颗粒。
荧光信号是由对细胞进行染色的特异性荧光染料受到激光激发后发射的。荧光波长与激光波长不同，而且强度较弱，因此要使用光学滤片滤除非荧光信号并使用灵敏的检测器。荧光测量时通常使用线性放大器（即放大器的输出与输入是线性关系），适用于较小范围内变化的信号，如前向角散射和DNA测量。但有时需要对数放大器（即输出与输入是对数关系）。如果原来输出为1，当输入增加到原来的10倍时，输出是2。BD_FACSCalibur流式细胞仪在免疫学检测中常使用对数放大器，因为在免疫学的样品中，可能有的细胞未被染色而仅有自发荧光，为阴性群体；被染上色的细胞特异性荧光可能比自发荧光强数倍到数十倍，为阳性群体。使用对数放大器可以同时分辨出亮度差异大的多个细胞亚群，容易选定不同亚群间的分界点，有利于流式细胞仪的分析和分选。
荧光信号的补偿：当用一种激光束同时激发两种染料发射出两种不同波长的荧光时，两种荧光发射光谱有一定的重迭，可用电补偿减去不适合荧光通道测定的重迭信号。
（5）细胞分选系统
细胞分选可使被特定的细胞从细胞群体中分离出来。流式细胞仪所测定的任何参数都可以作为细胞分选依据，被选出来的细胞的均一性与所测参数有关。其工作原理是把液滴形成信号在压电晶体上使之产生机械振动（不太通顺），液柱断裂成一连串均匀的液滴，一部分液滴中包有细胞，如果其特性与被选定要进行分选的细胞特性相符，则带有特定的电荷。BD_FACSCalibur流式细胞仪带有电荷的液滴向下落入偏转板的高压静电场时，偏转落入特定的收集器内，完成细胞分类收集的目的。
