荧光光谱仪分析运用的区域较广。生物和医学界的每个学科，包含生理、生化、生物物理学、药理学、免疫力、体细胞、基因遗传等，都能用这种技术性。从分析的原材料来说、氨基酸、蛋白质核酸、维他命酶、药物、毒物等能够采取。下边就内源性莹光和外源性莹光在分子生物学、医学中运用的可能，举一点示例。

　　一、内源性莹光的探测和运用

　　分子生物学中较为关键的天然莹光分子多属具备共轮双键的系统。如芳香氨基酸、核黄素、、卟啉、叶绿素、NADH和tRNA里的Y碱基（二氢）等。对带有这种天然荧光物质的试品，能直接顺通测量其莹光来明确其存有，遍布及总数。

　　1、蛋白质的内源性莹光

　　蛋白质的莹光来源于、和苯。他们的相对荧光强度为100:9:0.5。检测蛋白质的天然莹光，可选用280nm的激发波长，发射波长范畴在340-350（蛋白质溶液为中性时）。假如蛋白质中没有，只含苯和，则荧光光谱具体表现的特点，较大发射波长约为304nm。针对带有的蛋白质，荧光光谱则具体表现的特点，较大莹光发射在320-350nm间。

　　2、维他命的内源性荧光分析

　　维他命具备弱的紫外线莹光效应，因此用荧光光谱仪分析法检验维他命，很久以前就开始了。能用荧光分析测定的维他命有：，族，维他命C，，和等，这种维他命是指物质内和人体内的含量测量。比如用345毫微米波长的紫外线激发，在490毫微米处测溶液的荧光强度，然后由标准工作曲线求出的含量。

　　二、外源性莹光的使用

　　荧光探针，即外源性莹光技术性。现阶段，荧光探针的类型早已有上千百种，我们还可以按照所研究问题的不一样，选择不一样的荧光探针。

　　1、蛋白质的荧光标记：

　　2、核酸的荧光标记：

　　3、生物膜的荧光标记

　　4、金属代谢的莹光监测

　　5、荧光光谱仪莹光探剂做为pH指示剂