从生化角度来看，细菌正常生长和繁殖的（RNA）和脱氧核糖（DNA）是由若干氢键紧密连接而成的卷曲大分子，微波导致氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因或染色体畸变，甚至断裂。微波杀菌正是利用电磁场效应和生物效应起到对微生物的杀灭作用。实践证明采用微波装置在杀菌温度、杀菌时间、产品品质保持、产品保质期及节能方面都有明显的优势。

　　微波加热技术应用范围极广阔，微波加热技术在食品加工中应用仅是其中的一小部分。可以这样说，人们在认识微波加热特点的过程中，同时正在与现有技术相结合去开发出越来越多的新装置和仪器。例如，微波炉和冰箱的组合冰箱；微波水壶和微波卷发器，微波加热和洗衣机组合的微波烘干、洗衣机；微波热水器，低温水分测量仪等。微波加热技术的发展与人们的认识和掌握，以及市场需求是密切相关的，其中完善微波加热设备和加工工艺尤为关键。

　　微波杀菌机用于粉状、颗粒、片状等食品、药品、营养品、粮食制品、农副产品、牛肉、肉脯、方便面、速食品、米粉的干燥、杀菌，杏仁、花生、红枣、桃仁、板栗的烘烤、膨化、杀菌、脱皮，酱菜、卤味、各种肉制品小包装的防霉、杀菌、保鲜，还用于科研院校的研究。